Sus obras más importantes están entre las más destacadas y trascendentales de la música clásica y de la música universal.

Entre ellas cabe mencionar los Conciertos de Brandeburgo, el Clave bien temperado, la Misa en si menor, la Pasión según San Mateo, El arte de la fuga, La ofrenda musical, las Variaciones Goldberg, la Tocata y fuga en re menor, las Cantatas sacras 80, 140 y 147, el Concierto italiano, la Obertura francesa, las Suites para violonchelo solo, las partitas y sonatas para violín solo y las suites orquestales